分子筛大量进水后必须进行好几个周期的再生才能除去分子筛中的水分，具备吸附功能。 通常的做法是，关闭进塔总阀，只是在两个分子筛之间切换吸附，利用没进水的分子筛后的空气再生进水的分子筛，但是，当进水的分子筛转为运行的，其后面的水分进入没进水的分子筛。这样两台分子筛都有水，然后互相再生，随着吸附再生，含水量都减小，同时都具备吸附条件。

有些地方说分子筛大量进水后，利用上述方法再生，但是导致两个分子筛都有大量水，两个都再生，都失去了吸附作用。原因是：分子筛大量进水后，水分和分子筛作用，水由游离态的水变成了分子筛的结晶水，即使再生温度为200度也不能去除结晶水，必须拿到厂家400度回炉才能恢复分子筛的吸附功能！

其它情况处理方法：

如果只有一套空分也没别的办法。是这样的，进水的那台加热和冷吹的时间是延长的，没进水那台吸附量是正常生产时的五分之一所以适当延长一点问题不大，而这一次就起决定性作用，因为空气量小对好的那台影响不大。

假如你的分子筛大量进水，进水时间超过10分钟，并且从在生气放空能看到明显水渍，那就可以判定分子筛必须回炉了，没必要再生了。指望再生的温度解吸分子筛那是根本不可能的事情了。
如果分子筛发生进水，能够及时进行处理，可能需要高温活化几个周期，便可以恢复其吸附性能；如果是分子筛发生大量进水，在高温活化状态时，水中大量微生物，在高温状态下形成碳酸钙及碳酸镁等，会使分子筛吸附剂形成吸附，甚至还会使部分吸附剂在长周期高温活化状态下会形成粉化及发黄，失去其吸附性能；在这种状态下，只能更换新的分子筛。